Vernazzas Naturhafen – der einzige sichere Ankerplatz unter den fünf Dörfern – bietet seit dem elften Jahrhundert Fischerbooten Schutz, als genuesische Kaufleute die Landzunge befestigten und einen Tiefwassersteg unter dem Belforte-Turm errichteten. Der 120 Meter lange Steinkai des Hafens, der nach der Überschwemmung von 2011, die das Dorf unter drei Metern Schutt begrub, wiederaufgebaut wurde, bleibt der belebteste Einschiffungspunkt an der Küste der Cinque Terre. Zweitausend Boote passieren ihn in jeder Sommersaison, die meisten davon hölzerne Gozzi und Glasfaserboote, die Besucher zu Buchten bringen, die über den Küstenwanderweg nicht erreichbar sind.
Der Seeweg zwischen Vernazza und Monterosso al Mare, eine vier Kilometer lange Passage entlang von Kalksteinklippen, die sich 300 Meter aus dem Ligurischen Meer erheben, offenbart Schichten aus Sandstein, Schiefer und Ophiolith, die Geologen dem Eozän zuordnen. Die Erosion hat Meereshöhlen und natürliche Bögen geformt, die nur vom Wasser aus sichtbar sind. Das 1999 eingerichtete Meeresschutzgebiet verbietet motorisierten Booten zwischen April und Oktober das Befahren der Gewässer innerhalb von 200 Metern vor der Küste – eine Einschränkung, die kleinen Anbietern zugutekommt und Nistplätze für die Krähenscharbe und den Wanderfalken schützt. Private Charterboote befahren das Reservat mit Genehmigung und halten an Badebuchten nahe dem Strand von Guvano und den verlassenen Kalksteinbrüchen unterhalb von Corniglia.
Vernazzas Bootswirtschaft verlagerte sich in den 1980er Jahren von der kommerziellen Fischerei – Sardellen- und Sardinenfängen, die einst vierzig Familien ernährten – hin zum Personentransport und maßgeschneiderten Touren. Lokale Kapitäne, viele von ihnen Nachkommen der ursprünglichen Fischerclans des Dorfes, sind von Mai bis September aktiv und bieten Aperitivo-Fahrten im Sonnenuntergang sowie morgendliche Schnorcheltouren an. Der Hafen bietet Platz für Boote mit einer Länge von bis zu neun Metern; größere Charterboote legen in La Spezia oder Monterosso ab. Der Tidenhub im Ligurischen Meer beträgt im Durchschnitt 30 Zentimeter, was einen ganztägigen Betrieb ohne die Anlegebeschränkungen ermöglicht, die den Zugang andernorts an der Italienischen Riviera einschränken. Die Abfahrtszeiten sind im August und in den Nebensaisonwochen Ende Juni schnell ausgebucht, wenn die Wassertemperatur 24 Grad Celsius erreicht und die Sichtweite bis zu zwölf Meter beträgt.
Die Buchung einer privaten Bootstour in Vernazza über einen verifizierten Anbieter stellt die Einhaltung der saisonalen Protokolle des Meeresschutzgebiets sicher und sichert einen vorrangigen Liegeplatz am Steg, wo der Platz jeden Morgen von der Hafenbehörde zugewiesen wird. Die meisten Charterfahrten beinhalten eine Schnorchelausrüstung, Prosecco-Service und Stopps in zwei oder drei Dörfern, wobei die Rückfahrten zeitlich auf das Abendlicht abgestimmt sind, das die Klippen in Bronze und Violett färbt. Dieses Erlebnis bleibt jenen verwehrt, die nur mit dem Zug anreisen – der Küstenweg bietet zwar Dramatik, aber nur der Seeweg offenbart die gesamte Geometrie der Cinque Terre, einer vertikalen Landschaft, die sich am besten vom Deck eines Bootes aus betrachten lässt, das sich langsam nach Westen bewegt, während die Sonne in Richtung Korsika sinkt.