Le port en croissant de Vernazza, sculpté dans le substrat rocheux ligure et renforcé au XIIIe siècle, reste le plus petit mouillage en activité le long de la côte des Cinque Terre. La jetée en pierre qui s'avance sur soixante mètres dans la Méditerranée a été reconstruite après que l'inondation de 2011 a dépouillé le front de mer du village, et la restauration a préservé l'agencement original du port : une plateforme de débarquement unique flanquée de vingt-deux postes d'amarrage, chacun numéroté en émail blanc et assigné à un navire enregistré. Les opérateurs de ferry partaient de ce port dès 1874, lorsque les navires à vapeur reliaient Gênes à La Spezia et faisaient escale à Vernazza pour le courrier et les passagers. Les meilleures options de tour en bateau à Vernazza partent aujourd'hui du même quai, bien que les opérateurs modernes privilégient les semi-rigides et les catamarans à pont ouvert plutôt que les bateaux à aubes à charbon qui faisaient escale ici autrefois. Le littoral entre Vernazza et Monterosso révèle des strates géologiques inaccessibles par les sentiers : des parois verticales de calcaire bordées de schiste jurassique, des grottes marines creusées par deux millions d'années d'action des vagues, et des vignobles en terrasses qui descendent à moins de quinze mètres de la ligne de marée. Les itinéraires des tours en bateau retracent les anciens chemins muletiers qui reliaient les cinq villages avant l'ouverture du tunnel ferroviaire en 1874, et les guides signalent les tours de guet en pierre construites au XVIe siècle pour avertir des raids sarrasins. Le réseau de ferry Golfo dei Poeti, établi en 1952, exploite le système de pass journalier qui inclut les tours du port de Vernazza, et les horaires de l'entreprise alignent les départs sur les réglementations des sites de l'UNESCO limitant le trafic maritime près des zones de nidification. Les excursions en bateau à Vernazza incluent désormais un service d'apéritif à bord, des arrêts baignade à la plage de Guvano et à la crique de Canneto, ainsi que des itinéraires prolongés qui se poursuivent vers le sud jusqu'à Portovenere et les falaises de Palmaria. La profondeur du port — dix-huit mètres au niveau de la ligne d'amarrage — permet aux navires plus grands d'accoster sans transferts par navette, et la digue en pierre protège le débarcadère de la houle, sauf par vents de libeccio très forts. Les opérateurs effectuent des départs le matin entre neuf heures et dix heures trente pour éviter l'encombrement des ferries de midi, et les créneaux de l'après-midi partent à quinze heures et dix-sept heures, prévus pour ramener les passagers avant le dernier train vers le nord à destination de Monterosso. Les réglementations du front de mer du village, révisées en 2024, limitent les départs quotidiens à quarante-deux tours afin de préserver l'accès à l'amarrage pour la flotte de pêche résidente, et la réservation à l'avance garantit un créneau de départ confirmé plutôt qu'une place en liste d'attente.